C.E.(Cosmic Era)70년, ‘피의 발렌타인’의 비극으로부터 시작된 무력충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이러한 전란 속에서 부모님과 동생을 잃은 신 아스카는 C.E. 73년, 자프트의 병사가 되어있었다. 신의 합동 공격에 고전하는 키라 야마토, 이때 아스란 자라가 나타나 신을 압도한다. 더 이상의 전투는 무의미하다고 판단한 자프트의 탈리아 함장은 전함 미네르바에 후퇴할 것을 명령, 양 측 모두 아무것도 얻지 못한 채 싸움은 끝이 난다. 이튿날, 오브의 수장 카가리 유라 아스하는 플랜트의 길버트 듀랜달 의장에 대한 공식적인 반대 성명을 발표하는데…