Ryota steelt een boot om op zoek te gaan naar zijn vermiste broer. Tijdens de zeereis wordt het schip aangevallen door een verschrikkelijk gigantisch wezen, Ebirah. Nadat hij op het eiland Letchi is geland, ontdekt hij dat Mothra, een ander monster, hem misschien kan stoppen. In werkelijkheid heeft Mothra versterking nodig en Ryota zal er alles aan doen om Godzilla wakker te maken...